A maioria dos sítios arqueológicos de Ilhabela corre o risco de destruição antrópica. Essa destruição pode ocorrer através da implantação de novos projetos urbanísticos, pela destruição de sítios em terrenos particulares para novas construções, e até mesmo por caçadores de tesouros. Os sítios também correm o risco de destruição por fatores naturais, pela ação da chuva ou raízes de árvores que se infiltram em paredes de ruínas.

Para assegurar a preservação desses sítios é preciso notificar todos os proprietários de imóveis que possuam sítios em suas propriedades, mostrando-lhes o valor daquele patrimônio para o município e a proteção legal existente. Também é preciso visitas periódicas a esses sítios, garantindo que eles sejam preservados.

Estamos desenvolvendo estudos para realizar fiscalização dos sítios através de monitoramento por imagens de satélite, mas esse é um projeto a médio e longo prazo, pois depende de acertos institucionais e desenvolvimento de metodologia própria para essa atividade.