Já foram identificados até o momento mais de cinqüenta sítios em Ilhabela. Entretanto, há muitas áreas ainda não pesquisadas. Para a identificação dos sítios, estamos trabalhando com análise cartográfica e ambiental, informações históricas e orais e estudo de fotografias aéreas.

Os sítios arqueológicos são indicados a partir de informações ambientais e geográficas, vestígios materiais visíveis, documentação textual e iconográfica e até mesmo informações orais. As informações ambientais e geográficas são obtidas pelo estudo das características físicas da região, com a utilização de cartas com curvas de nível, em escala adequada e, principalmente, com o estudo de fotos aéreas através de estereoscopia. A partir desse levantamento, é possível determinar as áreas favoráveis ao assentamento humano, estudando a orientação de vertentes, declividade e outros fatores que orientavam os grupos humanos pretéritos na escolha do local para o seu assentamento. Os vestígios materiais podem ser observados, muitas vezes, em superfície, principalmente nas obras e áreas de loteamentos que podem ser fiscalizadas, se identificadas.

A documentação textual histórica pode dar informações sobre os indígenas que habitaram essa região, bem como pistas sobre a localização de antigas aldeias e assentamentos coloniais. Da mesma forma, os moradores locais podem fornecer novos dados à pesquisa, pois é comum o lavrador encontrar na roça fragmentos de cerâmica indígena e material lítico, como machado de pedra e ponta de flecha.

São muitas as técnicas utilizadas nesse tipo de pesquisa arqueológica. O conjunto dessas técnicas é chamado em arqueologia, de "Prospecção arqueológica". É um termo correntemente utilizado para indicar todos os meios técnicos que possam auxiliar na pesquisa arqueológica de indagação sobre o terreno. É um termo muito geral que compreende a fotografia aérea, meios mecânicos, métodos geofísicos e análise química.