Criado em dezembro de 1999, esse projeto foi elaborado com o objetivo de identificar, proteger e promover o patrimônio arqueológico local, através de procedimentos científicos e o desenvolvimento de uma política municipal de gestão desse patrimônio. No primeiro ano o Projeto foi desenvolvido em parceria com a Prefeitura Municipal, que financiou e participou do projeto. Foi possível, entre outras coisas, identificar 45 sítios arqueológicos, entre sítios pré-coloniais (concheiros, abrigos sob rocha e ceramistas) e sítios de ruínas de fazendas, engenhos, igrejas, habitações e fortificações, desde a colonização portuguesa até o século XIX. 

Para a viabilização do projeto foi criado um Laboratório de Arqueologia e Reserva Técnica. Com a mudança na Administração Municipal, o projeto deixou de ter adequado apoio da Prefeitura, mas continuou com suas atividades com a colaboração do Parque Estadual de Ilhabela e da sociedade civil. Assim, vários sítios foram salvos da destruição por construções e empreendimentos imobiliários e 12 novos sítios foram identificados. O Projeto também resultou na formação de um acervo com mais de 14.000 peças. Com o fechamento do Laboratório pela Prefeitura Municipal, o acervo foi levado para a sede do Parque Estadual de Ilhabela. Um dos sítios arqueológicos foi estudado, através de escavação arqueológica, envolvendo uma equipe com 19 pessoas.