Os mais antigos sítios de Ilhabela são os chamados Concheiros, com cerca de 2500 anos, nos quais encontramos grande quantidade de conchas, ossos de peixes, artefatos e sepultamentos humanos. Esse tipo de sítio possui uma camada arqueológica com cerca de um metro de profundidade. Ao contrário dos sambaquis[1], as conchas estão menos compactadas, concentrando-se em bolsões. Os sítios concheiros já estudados apontam a grande quantidade de restos de peixe, além de conchas, que aparecem em menor número em comparação com os sambaquis. Esse contexto sugere uma mudança no padrão de subsistência desses grupos litorâneos, que deixaram de realizar uma coleta especializada e privilegiaram a pesca. Nesses sítios, normalmente são encontrados muitos sepultamentos.

Sítio Concheiro Vitória IV, 2000

Esse tipo de sítio tem recebido diferentes interpretações por arqueólogos. Alguns acreditam tratar-se da mesma população dos sambaquieiros, que passaram por uma adaptação ecológica e/ou cultural. Outros acreditam tratar-se de uma cultura distinta.

Na década de 1960, Dias Jr.,[2] estudando sítios costeiros similares no Rio de Janeiro, criou a chamada Tradição Itaipu, visando englobar esses sítios costeiros. Mais tarde, essa Tradição[3] foi subdividida em diferentes Fases[4], conforme diferenças temporais, ecológicas e culturais identificadas em alguns sítios.

Em São Paulo, foram raros os sítios concheiros estudados. Analisando-se os sítios até agora encontrados em Ilhabela, esses grupos preferiram as ilhas menores do arquipélago que compõem hoje o município, apresentando-se em áreas próximas ao mar, nas meias encostas dos morros. Os sítios de Ilhabela possuem um grande potencial científico para esclarecer as questões ainda presentes.

Até o momento foram identificados oito sítios concheiros no arquipélago de Ilhabela. Tais sítios localizam-se nas ilhas dos Búzios, da Vitória e dos Pescadores. Os três sítios localizados na Ilha dos Búzios sofreram algum tipo de destruição antrópica. O sítio Búzios I foi parcialmente destruído pela construção de uma casa e por ser cortado pelo caminho entre o pequeno píer e as casas próximas. O sítio Búzios II, situa-se em local estratégico, protegido lateralmente (sul) por amplo paredão de pedra, de frente para o mar, tendo ainda um local sob uma laje de rocha, podendo servir para abrigo, fazer fogueiras, cozer alimentos, etc. Nesse abrigo foram encontrados alguns enterramentos humanos. 

Sítio Concheiro Búzios III, 2000

O sítio Búzios III localiza-se-se na meia encosta de morro próximo a costeira, em ponto de menor declividade. Também localiza-se junto à um pequeno abrigo sob rocha, onde há presença de material arqueológico. Assim como o sítio Búzios I, também está no meio do caminho entre o porto e as casas próximas, passando a trilha no meio do sítio e, em função disso, apresenta erosão pluvial na forma de ravina.